Si te interesa saber mas sobre el funcionamiento de CHKDSK.....

Funcionamiento de CHKDSK

La actividad de CHKDSK se divide en tres pasos principales

Fase 1: Comprobación de archivos

Durante el primer paso, CHKDSK muestra un mensaje que dice que está comprobando archivos y también muestra el porcentaje de la comprobación contando desde el 0 al 100 por ciento. Durante esta fase, CHKDSK examina cada segmento registrados en la tabla de asignación de archivos (MFT).
El "porcentaje completado" que CHKDSK muestra durante esta fase es el porcentaje de la MFT que CHKDSK ha comprobado.
Al final de esta fase, se ha identificado el espacio que está en uso y el que está disponible.

Fase 2: Comprobación de los índices

Durante el segundo paso CHKDSK examina cada uno de los índices en el volumen. Los índices son esencialmente directorios NTFS.
Durante este paso, se examina cada directorio que se encuentra en el volumen, se chequea la coherencia interna y se verifica la correspondencia entre lo que se encuentra grabado en el registro de la MFT y los directorios que se encuentran físicamente en el disco.
Al final de esta fase, CHKDSK se ha asegurado de que no existen archivos "huérfanos" y que todos los listados de directorios contienen archivos válidos.
(Un archivo huérfano es un archivo al que se hace referencia pero no existe en ningún directorio.)

Fase 3: Comprobación de los descriptores de seguridad

Durante esta fase, CHKDSK examina cada descriptor de seguridad que está asociado con los archivos o directorios que se encuentran en el volumen.
Los descriptores de seguridad contienen información sobre la propiedad de un archivo o directorio, de los permisos NTFS para el archivo o directorio, y la auditoría.

Fase 4: Comprobación de los sectores

Si el modificador /R es utilizado, CHKDSK ejecuta el cuarto paso para buscar sectores defectuosos en el espacio libre del volumen.
CHKDSK intenta leer cada sector del volumen para confirmar que el sector se puede utilizar, incluso sin el modificador /R, CHKDSK siempre lee los sectores que están asociados con los metadatos.
Cuando CHKDSK encuentra un sector ilegible recupera los datos del clúster no válido y escribe los datos en el clúster recién asignado.
Sin embargo, usando el modificador / R es una manera conveniente para escanear todo el volumen si se sospecha que un disco puede tener algunos sectores defectuosos.

El modificador /C indica a CHKDSK que omita las comprobaciones que detectan ciclos en la estructura de directorios. Los ciclos son una forma poco común de corrupción en los que un subdirectorio puede tener a sí mismo un "antepasado".
El uso del modificador /C puede acelerar CHKDSK alrededor de un 1 o 2 por ciento, pero este parámetro también puede dejar archivos "flotantes" en un volumen NTFS. Estos archivos pueden ser inaccesibles desde el resto del árbol de directorios y algunos pueden quedar huérfanos, lo que puede traer como consecuencia que los programas de Windows, incluyendo programas de copia de seguridad, no sean capaces de reconocerlos.

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El modificador /I indica a CHKDSK que omita las comprobaciones que comparan las guías o entradas de directorios con sus segmentos correspondientes. Utilizando esta opción, se sigue comprobando la coherencia interna de las entradas de directorios, pero las entradas de directorio no son necesariamente compatibles con los datos que se almacena en los segmentos de registro correspondientes.

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Utilizando el modificador /I puede reducirse hasta un 50 o 70 por ciento el tiempo necesario para revisar discos grandes, pero puede traer como consecuencia que no se compruebe verdaderamente la referencia existente en la MFT con los archivos existentes en los directorios.

En resumen, estas dos opciones deben ser solo empleadas en situaciones en las que es necesario ejecutar CHKDSK en discos de gran tamaño y no se dispone del tiempo suficiente para una operación normal.

Revisar los resultados de la reparación del sistema de archivos con CHKDSK

Debido a algunas reparaciones, tales como la corrección de clústeres perdidos (también conocido como unidades de asignación) o archivos con vínculos cruzados, los cambios en la tabla de asignación de archivos puede ocasionar pérdidas de datos, Chkdsk mostrará en ese caso un mensaje de confirmación similar al siguiente:

10 unidades de asignación perdidas que se encuentran en 3 cadenas. 

Convertir cadenas perdidas en archivos? 

Si presionas la tecla N, Windows corregirá los errores en el volumen, pero no guardará el contenido de los clústeres perdidos.
Si presionas S, Windows intentará identificar la carpeta a la que pertenecen. Si es así, las cadenas de clúster perdidos se guardarán allí como archivos. Si la carpeta no puede ser identificada o si no existe, se guarda cada cadena de clústeres perdidos en una carpeta llamada FOUND.XXX, donde XXX es un número secuencial comenzando con 000.
Son creados, uno o más archivos con el siguiente formato: Filennnn. CHK (el primer archivo se llama File0000.chk, el segundo se llama File0001.chk, y así sucesivamente en ese orden) Cuando Chkdsk finalice es recomendable revisar el contenido de esta carpeta.

¡Importante.
En reparaciones efectuadas a dispositivos USB como memorias, tarjetas, etc. a veces es imprescindible recuperar manualmente los archivos de esta carpeta renombrándolos con la extensión de archivo necesaria.

Finalmente eliminarse los archivos CHK después de haber guardado los necesarios.

Los sectores defectuosos informados por Chkdsk fueron marcados cuando el volumen fue preparado por primera vez para la operación. Eso trae como consecuencia que en caso que se interrumpa la operación debido a un corte de energía u otra causa, los archivos y directorios marcados no serán accesibles desde el explorador de Windows hasta que se termine la reparación con CHKDSK.

Si con ningunos de los métodos anteriores fue posible reparar tu disco duro, busca las herramientas de diagnóstico que provee cada fabricante, usa los siguientes links.

Toshiba | Hitachi | IBM | Seagate/Maxtor/Freeagent | Western digital

Como crear un disco de reparación o restauración del sistema en Windows 7

Para crear un crear un disco de reparación sigue los siguientes pasos:

Escribe en el cuadro de Inicio sdclt y oprime Enter, se abrirá la ventana de la herramienta Copias de seguridad y restauración, escoge en el panel de la izquierda: Crear un disco de reparación del sistema y sigue los pasos que te indicara el asistente, por supuesto para eso tienes que tener una unidad grabadora de discos instalada.

En caso que se solicite insertar un disco de instalación de Windows, significa que no se pueden encontrar en el equipo los archivos necesarios para crear el disco.
Al arrancar la computadora desde el disco de reparación estarán disponibles las siguientes herramientas:
Reparación de inicio
Restaurar sistema
Recuperación de imagen del sistema
Diagnóstico de memoria
Símbolo del sistema o consola de cmd

Para iniciar desde el disco es imprescindible configurar primero el SETUP o BIOS para que la unidad óptica sea el primer dispositivo de arranque.